Afin de devenir un bon ninja ou une bonne Kunoïchi, vous devrez choisir six Arts (AT) et un Caractère Spécial (CS). Les Arts (AT) définissent grossièrement ce dans quoi vous vous spécialisez et ce que vous utilisez pour le combat, ou la vie commune. Les Arts (AT) vous permettent aussi de progresser dans les voies que vous voulez suivre. Plus précisément, choisir un Art (AT) vous laisse choisir certaines techniques et styles de combat que vous voulez tant qu'elles y restent liées. Vous ne pouvez pas apprendre des techniques en dehors des six Arts (AT)  que vous avez choisi dans l'ordre, d'autant plus que vous en obtiendrez au fur et à mesure de votre progression. Au rang D, vous commencerez avec 1 Art (AT) choisis sur les 6, tandis que les autres seront débloqués graduellement. Il vous est par ailleurs possible de sacrifier des Arts (AT) pour augmenter un autre Arts (AT) d'un rang, ou bien d'en sacrifier pour obtenir des Caractères Spéciaux (CS) en plus.

 Un Caractère Spécial (CS), lui, est une capacité extérieure à vos Arts (AT). Dans le monde, ils sont parfois considérés comme des anomalies. Ces Caractères Spéciaux (CS) se transmettent de génération en génération dans la plupart des clans et permettent souvent d'obtenir des techniques en rapport avec le Caractère Spécial (CS) que vous aurez choisi. Attention, certains Caractères Spéciaux (CS) sont limités. Rejoindre un clan peut vous empêcher d'avoir un Caractère Spécial (CS) et certains clans peuvent vous faire posséder plusieurs Caractères Spéciaux (CS). Sauf exception, l'utilisation des Caractères Spéciaux (CS) ne peut se faire qu'à partir du rang D.